시화호 인공습지에서 물질함량은 조사시기와 지점에 따라 뚜렷한 경향을 보이지 않았는데, 이는 습지내에서 지점에 따라 퇴적현상이 다르기 때문으로 판단된다. 표층퇴적물의 COD함량은 4.1~47.7 mg/g의 범위를 보였으며, 평균 COD 함량은 고습지에서는 동화천습지가 (19.0mg/g) 반월천습지(15.2 mg/g)에 비해 컸던 반면, 저습지에서는 반월천습지(18.0 mg/g)가 동화천습지(16.3mg/g)보다 큰 것으로 나타났다. TOC 함량비는 반월천고습지에서 0.29~2.81%, 반월천저습지에서 0.43~2.65%의 범위를 보였으며, 동화천습지의 경우는 고습지에서는 0.48~2.71%, 저습지에서 0.61~1.61%의 변화를 보였다. TOC 함량비는 COD와 유사한 시공적분포를 보였으며, 퇴적물내 COD와 TOC 함량비 사이의 관계 또한 두 습지 모두 양의 상관을 보였다.표층퇴적물내 TN함량은 반월천습지에서 0.03~ 0.35% 그리고 동화천습지에서 0.06~0.35%의 범위로 비슷한 범위를 보였으며, 유기물함량과 유사한 경향을 분포를 보였다. TP 함량은 반월천습지의 경우 고습지에서는 362~691㎍/g의 범위로 저습지(390~947㎍/g)에 비해 변화폭이 작게 나타났다. 저습지의 변동폭 및 분포양상은 유기물과 매우 유사하였으나, 고습지에서는 뚜렷하지 않았다. 한편 동화천습지에서는 고습지에서는 375~852㎍/g의 범위를 보였고, 3월과 5월에 높은 농도를 나타냈다. 저습지의 TP 함량은 379~1,150㎍/g의 범위로 고습지에 비해 변동폭이 컸다.
   시화호 인공습지의 퇴적토에 의한 오염물질 제거효율은 오염물질의 종류와 조사시기와 지점에 따라 상이한 양상을 보였으며, TP와 Cu는 퇴적물로부터 제거되기 보다는 오히려 용출되는 경향을 나타냈다.  TN은 5월과 7월에 동화천고습지에서는 퇴적물로부터 용출된 반면, 그 외 지점에서는 퇴적물에 의해 제거되는 것으로 나타났다. TN의 평균 제거속도는 반월천저습지(6.80mg/㎡/h)＞동화천저습지(6.11mg/㎡/h)＞반월천고습지(5.43mg/㎡/h) 순으로 나타났다. 반면 TP의 경우는 동화천습지에서는 제거되는 반면 반월천습지에서는 퇴적물로부터 용출되는 되는 것으로 나타났다. TP의 평균 제거속도는 동화천저습지(0.96mg/㎡/h)가 고습지(0.11mg/㎡/h)에 비해 빠른 것으로 나타났다. 중금속도 TN과 TP와 마찬가지로 조사시기에 따라 제거 또는 흡수되는 경향을 보였지만, Cu의 경우 평균 제거속도는 모든 지점에서 (-) 값을 보여 퇴적물에 의해 제거되기 보다는 퇴적물로부터 용출되는 것으로 나타났다.