호소나 저수지 수질을 효과적으로 관리하기 위해서는 대상유역 오염물질 유출의 시?공간적변동과 유역개발 등과 같은 환경의 변화, 인구 및 산업시설 등 인문?사회적인 요소의 변화에 따른 저수지 수질모의가 이루어져야 한다. 본 연구에서 적용한 시스템은 각종 자료를 관리하는 데이터베이스, 유역 오염부하를 산정하는 HSPF모형과 저수지 수질모델인 CE-QUAL-W2로 구성되어 있으며, 각 단위모델간 원활한 자료 제공을 위한 인터페이스를 구축하였다. 구축된 수질관리시스템의 효율적인 활용을 위해 본 논문에서는 하폐수처리장 운영에 의한 저수지 수질개선효과와 개발지 관리에 의한 저수지 수질변화를 적용해 보았다.    2006년을 기준으로 하수종말처리시설 및 마을하수도가 없을 경우의 BOD, TN, TP 부하를 산정하여 처리시설 가동시의 저수지 유입하천별 수질과 비교한 결과 BOD는 평균 1.594 mg/L, TN 0.517 mg/L, TP 0.037 mg/L가 개선되는 것으로 나타났다. 이상의 결과를 저수지 유입부하로 하여 저수지모델인 CE-QUAL-W2에 적용한 결과 NH4-N, PO4-P, TP, COD 등의 항목에서 농도 차이는 없었으나, NO3-N의 경우 0.002～0.005 mg/L의 범위로 연평균 농도감소가 산정되었고, TN은 0.004～0.008 mg/L, DOC는 0.007～0.014 mg/L, BOD는 0.014～0.028 mg/L, Chl-a는 0.013～0.022 ㎍/L 범위로 감소하는 것으로 모의되었다. 
  개발지 관리에 의한 비점오염원 제어시 용담댐 유입하천의 BOD, TN, TP 수질을 예측한 결과, 금강본류 유역에서의 수질개선효과는 BOD 평균 0.125 mg/L, TN 0.085 mg/L, TP 0.004 mg/L로 나타났다. 개발지 관리에 의한 저수지 수질변화는 저수지 전체 평균 농도로 TN 0.010mg/L, BOD는 0.013mg/L, Chl-a는 0.077㎍/L 감소하는 것으로 모의되었다. 이는 개발지 면적이 전체 유역면적에 비하여 작은 비율임에도 불구하고 수질개선효과가 큰 것으로 나타났다.