This study evaluated the effects of an industrial wastewater treatment plant(IWTP) and a municipal wastewater treatment plant(MWTP) effluents on a variety of bioindicators ranging from biochemical, organism, and population-level responses in pale chub(Zacco platypus) and fish community structure. The Index of Biotic intergrity (IBI) indicated that the site upstream of these wastewater treatment plant discharges is in fair-good condition and downstream of the plant is in poor condition. The EROD (ethoxyresorufin-o-deethylase) activity, condition factor, and liver somatic index were significantly increased at the downsteam site compared to those of the upsream site. The most significant change observed in pale chub population in the downstream site of the Miho stream, relative to the upstream population, was the total absence of an younger age group. Sterssors impacting the downstream site were identified as mostly organic or nutrient enrichment and habitat degradation associated with wastewater treatment plants. The results of causal analysis suggest that the primary causes affecting fish population in the downstream site are through both size-selective mortality caused by ammonia toxicity and recruitment failure caused by habitat degradation and reproduction problem due to an IWTP and MWTP effluents.