The oxidation and deposition of the manganese by bacteria is very important for manganese circulation in the water environment. In particular, the manganese-oxidizing bacteria have a very important role in water treatment process. In this study, we aim to examine the bacterial population within the filter absorbed (F/A) activated carbon filters of water treatment plants, and check the manganese-oxidization of bacteria in the biofilm. To determine the bacterial population and the genera of bacteria distributed in the F/A activated carbon filters, samples of activated carbon were collected according to the depth of the filters, and bacteria were cultured on various growth media. Cultured bacteria were primarily identified using the MicroLog System and Release 4.2, which were then further identified by analyzing the 16S rRNA sequences of these bacteria to enhance the reliability of bacterial identification. In the results, bacterial re-growth within the filters was observed, and it was found that there were differences in distributions of mesophilic bacteria and general bacteria, according to the water temperature. Bacillus spp., Staphylococcus spp., and Pseudomonas spp. were mainly identified. It was also observed that there were bacteria concerned to be related to manganese oxidation, such as Pseudomonas fluorescence. Further studies should be performed on the identification of the manganese-oxidizing bacteria and the measurement their ability to oxidize manganese.