A total culturable virus assay was conducted with samples obtained from five water treatment plants to survey waterborne viruses in source, treated, and tap water. In case of the source water, waterborne viruses were detected from three source water samples: 1.0, 14, and 5.8 MPN/100 L. No viruses were detected in the treated and tap water samples. The results of the integrated cell culture reverse transcription PCR and the nucleotide sequence analysis showed that the VP1 region of enterovirus was amplified in the water treatment plant, I's virus-positive samples, and that the nucleotide sequence was very similar to that of the coxsackievirus type B3. Since the nucleotide sequence was also very similar to that of the coxsackievirus type B3 isolated from an aseptic meningitis patient in Korea, it is very reliable that the viruses might have circulated from humans to the water system. This study found that there were no infectious viruses in the treated and tap water samples from five water treatment plants, but did not guarantee there were infectious viruses in all treated and tap water sources in Korea.