Bio-filtration processes using honeycomb tubes (process 1) and aeration and manganese-
sand filtration (process 2) were evaluated for the biological manganese removal 
efficiency. The concentration of manganese at effluent was stabilized after 20days 
operation in process 1. It was estimated the required time for attaching and growing 
microorganisms to honeycomb tubes. In long term of operation periods, manganese removal 
efficiency was dropped for the excessively attached biofilm and manganese dioxide to 
honeycomb tubes. It took several days for normal operation in process 2, after that 
manganese removal efficiency was increased to 98% and stabilized for 1.5 years.
 Microorganisms in process 1 and 2 were isolated and cultured to characterize manganese-
oxidizing bacteria. Among the four types of colony, light brown colony was turned blue 
color by leuco crystal violet spot test. Stenotropomonas genus, known as manganese-
oxidizing bacteria, was identified by 16S rDNA partial sequencing analysis which was 
isolated in process 1 and 2.
 For the biological treatment to remove manganese, these two considerations are 
important. One is to choose the proper madia attaching manganese oxidant, another one
 is to define the cultural condition of isolted manganese-oxidizing bacteria.