본 발명은 하천유량 측정시스템 및 이를 이용한 측정방법에 관한 것으로, 본 발명에 따른 하천유량 측정시스템은, 암벽으로부터 하천의 바닥으로 설치되는 가이드레일과, 상기 가이드레일에 결합되어 상하로 이동되는 이동활차와, 상기 이동활차에 고정되어 해당되는 수심의 유속을 측정하는 초음파 유속분포 측정기와, 상기 초음파 유속분포 측정기로부터 측정된 유속데이터를 전송하는 유속데이터 전송장치와, 상기 이동활차의 상하 이동거리를 제어하는 라인모니터가 구비된 서보모터와, 상기 유속데이터 전송장치로부터 전송된 유속데이터와 상기 서보모터의 회전수로부터 환산된 상하 이동거리 데이터를 디지털 신호로 변환하여 전송하는 데이터 전송장치와, 상기 초음파 유속분포 측정기와 서보모터의 작동을 제어하는 인버터와, 전송된 데이터를 수신하여 복조하는 송수신장치와, 복조된 데이터를 이용하여 보간 및 정밀유량산출법을 적용하여 프로그래밍된 프로그램에 의해 유량으로 환산하며, 유속 및 유량데이터를 저장하고, 유속 및 유량데이터를 영상신호로 변환하여 디스플레이하며, 상기 인버터를 제어하는 마이크로컴퓨터로 이루어지는 것을 특징으로 한다. 이에 따라, 수자원 부존량 파악, 하천생태, 하천환경개선, 다목적댐 방류에 따른 하류 하천의 변화 및 전달특성 파악을 위한 하천유량의 측정에 유용하고, 임의의 수위에 대한 하천유량을 실시간으로 측정할 수 있으며, 특히 평·갈수기의 유량 측정에 매우 유용하다. 또한, 연속적으로 유속을 정확하게 측정함으로써 유량을 정확하게 산출할 수 있고 종래에서와 같이 불연속점에서의 유량을 보간할 필요가 없는 장점이 있다.