본 발명은 정수장 여과지의 여과층 시료채취기 및 그 방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 일정한 길이로 이루어진 원형관(20)과, 상기 원형관(20)의 내측 중심부에 설치되어 회전시 하단부에서 상단부로 채취된 시료를 이동시킬 수 있도록 나사형식으로 형성된 스크류(30)와, 상기 스크류(30)의 상단에서 스크류를 회전시킬 수 있도록 회전동작부(10)가 구비된 시료채취기에 있어서, 상기 원형관(20)은 외부에서 그 내부를 관측할 수 있도록 투명재로 이루어지고 그 외주연 표면에는 길이방향으로 측정용눈금자(55)가 구비되며, 상기 원형관(20)의 하단부에는 시료의 원활한 굴착과 굴착시 원형관(20)의 파손 방지를 위한 보호캡(26)이 구비되며, 상기 스크류(30)의 상단에서 원형관(20)의 상단 내측에 끼움 설치되고 스크류의 원활한 회전을 위해 내부에 회전베어링이 구비된 고정지지부의 일측에 원형관의 외측으로 일정길이 돌출되어 상기 스크류의 회전동작시 원형관의 균형유지 및 가압을 위해 작업자가 파지할 수 있도록 지지손잡이(18)가 구비되어 이루어지는 여과층 시료채취기와 이를 이용한 시료채취방법에 관한 것이다.