To identify key factors that control primary production (P.P.) and trigger cyanobacterialharmful algal blooms (cHABs), we investigated spatio-temporal variations in P.P. in a continuousweir system in the Nakdong River once or twice a month from April to October 2018. P.P. wasmeasured through an in-situ incubation experiment using a 13C tracer. Relative proportion ofpigment-based phytoplankton composition was calculated by the CHEMTAX program basedon pigment analysis using a high-performance liquid chromatography (HPLC). P.P. was higherin spring (1130  1140 mg C m??2 d??1) and summer (1060  814 mg C m??2 d??1) than autumn(180  220 mg C m??2 d??1), and tended to increase downstream. P.P. was negatively related to PO43??(r = ??0.41, p < 0.01) due to utilization by phytoplankton during the spring and summer when it washigh. The relative proportion of pigment-based cyanobacteria (mainly Microcystis sp.) was positivelycorrelated with water temperature (r = 0.79, p < 0.01) and hydraulic retention time (HRT, r = 0.67,p < 0.01), suggesting that these two factors should aect cHABs in summer. Therefore, to control HRTcould be one of the solutions for reducing cHABs in a continuous weir system.