The Long Term Hydrologic Impact Assessment (L-THIA) model was previously improved by incorporating direct runoff lag time and baseflow. However, the improved model, called the L-THIA asymptotic curve number (ACN) model cannot simulate pollutant loads from a watershed or instream water quality. In this study, a module for calculating pollutant loads from fields and through stream networks was developed, and the L-THIA ACN model was combined with the QUAL2E model (The enhanced stream water quality model) to predict instream water quality at a watershed scale. The new model (L-THIA ACN-WQ) was applied to two watersheds within the Korean total maximum daily loads management system. To evaluate the model, simulated results of total nitrogen (TN) and total phosphorus (TP) were compared with observed water quality data collected at eight-day intervals. Between simulated and observed data for TN pollutant loads inDalcheon A watershed, the R2 and Nash?Sutcliffe efficiency (NSE) were 0.81 and 0.79, respectively, and those for TP were 0.79 and 0.78, respectively. In the Pyungchang A watershed, the R2 and NSE were 0.66 and 0.64, respectively, for TN and both statistics were 0.66 for TP, indicating that model performed satisfactorily for both watersheds. Thus, the L-THIA ACN-WQ model can accurately simulate streamflow, instream pollutant loads, and water quality.