In order to evaluate the distribution level of Cryptosporidium and Giardia in drinking water resources, distribution of Cryptosporidium and Giardia was studied in intake water of main water treatment facility with treatment capacity over 50,000ton/day in Korea. 10 L samples from each study sites were collected quarterly for 2 years between Oct. ‘04 and Dec. ’07. Cryptosporidium and Giardia were filtered and concentrated by capsule filter and centrifugation, and analyzed by immunomagnetic separation process and fluorescent assay.Cryptosporidium oocysts and Giardia cysts were found in 7.0% and 9.3%, respectively, of a total 776 samples from 97 study sites. And average detection number of Cryptosporidium oocysts and Giardia cysts in total 776 samples was 0.11/10 L, 0.16/10 L, detection range of Cryptosporidium oocysts and Giardia cysts was 0~7/10 L, 0~4/10 L, respectively. In seasonal distribution, Cryptosporidium was more frequent in spring as 9.2% than other season, Giardia was more frequent in winter as 14.6% than other season. In correlation analysis with total 776 data, Cryptosporidium had significant correlation to total coliform at the 0.05 level, but correlation value was too low as 0.07(r=0.07). In case of Giardia, what had significant correlation at the 0.05 level was total coliform and fecal coliform, but correlation value was too low as 0.26, 0.27 respectively.